Výzkum v IMTM je organizován do šesti výzkumných programů, které propojují činnosti jednotlivých laboratoří a výzkumných skupin.
Výzkumné programy, laboratoře a výzkumné skupiny podporují servisní pracoviště (Core Facilities) , která poskytují technologickou expertizu a technickou podporu veškerým výzkumným, vývojovým, vzdělávacím a servisním činnostem.
